El grado de intervención de la selección natural en el proceso evolutivo ha sido también un constante objeto de debate desde la formulación de la teoría de Darwin. La controversia sigue abierta en el ámbito puramente científico. Hay que tener en cuenta que a este mecanismo se le ha dado siempre un papel central dentro de la ortodoxia de la teoría sintética. En él se apoya gran parte de la originalidad de la propuesta de Darwin.
No obstante, actualmente se aducen razones para atenuar su importancia en la evolución, como las que presentan los ya mencionados neutralistas. También siguen ofreciéndose importantes razones para destacar su importancia. Un argumento empleado con frecuencia en su defensa consiste en la constatación, sobre todo en el ámbito de la macroevolución, de la existencia de la “evolución convergente”: hay seres vivos muy alejados desde el punto de vista filético, o que han evolucionado de una manera aislada, pero que han desarrollado organismos similares y han alcanzado soluciones funcionales extraordinariamente parecidas.
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